يولي قسم الرقابة والتدقيق أهمية كبيرة لتعزيز منظومة الرقابة الداخلية وضمان سلامة الإجراءات الإدارية والمالية، استناداً إلى الأطر القانونية والمعايير المهنية المعتمدة. كما يعمل القسم على تطوير آليات التدقيق والرقابة بما يسهم في رفع كفاءة الأداء المؤسسي والحد من المخاطر، دعماً لتحقيق الأهداف الاستراتيجية للجامعة.